Archiwum Dokumentacyjne Inicjatywy Trójmorza rozpoczęło swoją działalność w 2022 roku jako istotna część całego projektu. Głównym zadaniem postawionym przed Archiwum było wypełnienie luki w postaci zebrania dokumentacji źródłowej dotyczącej Inicjatywy Trójmorza w jednym miejscu, co przez brak stałej siedziby oraz sekretariatu Inicjatywy utrudniało przeprowadzanie badań nad tym formatem współpracy regionalnej.
Archiwum Dokumentacyjne (obok Biblioteki Trójmorza) posiada w swych zbiorach zarówno dokumenty poszczególnych szczytów Inicjatywy Trójmorza (poczynając od pierwszego szczytu w Dubrowniku w 2016 roku), stenogramy z posiedzeń sejmowej Komisji Spraw Zagranicznych poświęconych formatowi Trójmorza czy dokumentacje poszczególnych edycji Samorządowego Kongresu Trójmorza. Poza tym istotną część zbiorów stanowią materiały będące rezultatem kwerendy w ogólnopolskiej prasie oraz publikacje naukowe cyrkulujące w obiegu międzynarodowym dotyczące przedmiotu badań Archiwum. Dzięki temu wizytujący są w stanie zapoznać się nie tylko ze źródłami pierwotnymi, ale też z ciągle powiększającą się bazą artykułów badaczy polskich i zagranicznych.
Istotnym elementem prac w ramach Archiwum była również kwerenda archiwalna w Archiwum Partii Politycznych ISP PAN, która pozwoliła na przeprowadzenie analizy obecności Inicjatywy w programach polskich partii politycznych. Dzięki temu powstał raport „Inicjatywa Trójmorza w programach partii politycznych oraz w programach wyborczych kandydatów na prezydenta w okresie 2014-2023” oraz zbiór dokumentów zawierający wspomniane programy (dostępny na miejscu).
